وفقًا لتصنيف الهيكل، تتضمن المكابس الهيدروليكية بشكل أساسي مكابس هيدروليكية أحادية العمود ومكابس هيدروليكية رباعية الأعمدة ومكابس هيدروليكية إطارية ومكابس هيدروليكية أخرى.

يمكن تقسيم المكبس الهيدروليكي أحادي العمود إلى هيكلين: الجسم بالكامل والجسم المشترك. أثناء عمل المكبس الهيدروليكي أحادي العمود، بسبب تشوه الجسم، سيكون للمنزلق والطاولة زاوية معينة، لذلك يتم استخدامه في الغالب لمتطلبات الدقة المنخفضة. التطبيقات، مثل: تركيب المكبس، وضغط الألواح، والتقويم وغيرها من العمليات.

يربط المكبس الهيدروليكي رباعي الأعمدة الحزم العلوية والسفلية من خلال أربعة أعمدة، ويتم توجيه العارضة المتحركة بالمنزلقات بواسطة الأعمدة الأربعة. تتميز الآلة بخصائص الهيكل البسيط وتكلفة التصنيع المنخفضة، لذلك يتم استخدامها.

يحل المكبس الهيدروليكي الإطاري محل العمود الأسطواني في المكبس الهيدروليكي رباعي الأعمدة بعمود إطار ملحوم. يتم توجيه دليل المنزلق بواسطة قضيب التوجيه المثبت على العمود، والذي يتميز بدقة التوجيه العالية وقدرة التحميل الكبيرة المضادة للانحراف، ولكن تكلفة التصنيع أعلى من تكلفة مكبس هيدروليكي رباعي الأعمدة. في المناسبات ذات متطلبات الدقة العالية، مثل ختم الصفائح المعدنية وتشكيل المعادن بدقة وغيرها من العمليات.

تشكل المكابس الهيدروليكية الثلاثة المذكورة أعلاه أكثر من 95% من إجمالي عدد المكابس الهيدروليكية. وفقًا لاحتياجات مختلفة. بالإضافة إلى ذلك، هناك العديد من المكابس الهيدروليكية الأخرى ذات الهياكل الخاصة، مثل: مكابس هيدروليكية متعددة الأعمدة ومتعددة الاتجاهات وأفقية وجسرية وغيرها.